FLACSO España pretende desarrollar programas de posgrado propios y en colaboración con otras instituciones académicas a través del desarrollo de tres áreas:

FLACSO GOBIERNO: estudios con énfasis en elites políticas (formación y capacitación), comunicación, estado de derecho, buen gobierno y gobernanza, cambio social y político.

FLACSO GLOBAL: estudios con énfasis en migraciones, procesos de integración, estudios de área, seguridad y justicia transnacional, gobernanza internacional y desafíos globales (sostenibilidad y medio ambiente, conflicto).

FLACSO MÉTODOS: estudios especializados en métodos de análisis socio político.